L'Université Cadi Ayyad a identifié, dès sa création, la coopération et l'ouverture comme des leviers de son développement. Partant du principe que la recherche scientifique de pointe ne peut être produite que dans un environnement d'échange et de mutualisation, elle a encouragé ses enseignants chercheurs à participer massivement aux réseaux de recherche régionaux et internationaux. Elle a, pour cela, mis en place des mécanismes de financement propre qui permettent aux chercheurs d'être présents dans les rencontres et les manifestations scientifiques. Aujourd'hui l'Université est liée par convention à plus d'une centaine d'Universités de par le monde. S'il est vrai que, dans un premier temps, la coopération avec la France a été privilégiée, l'Université a cherché durant les dernières années à élargir l'horizon de ses partenariats notamment en direction de l'Espagne et des Etats-Unis.
Grâce à cette politique d'ouverture et au dynamisme des chercheurs, l'Université Cadi Ayyad a pu participer à des projets importants dans le cadre des programmes de recherche nationaux et internationaux (Programmes cadres européens, Pars, Protars, IRD, AUF, PRAD,...). Cette participation a eu comme impact d'asseoir les bases d'une recherche reconnue à l'échelle internationale et de mettre en place une infrastructure de recherche de qualité.
La dynamique d'ouverture continue, aujourd'hui, dans les programmes de cotutelle de thèses qui permettent aux jeunes chercheurs de l'Université de bénéficier de compétences et d'infrastructures de haut niveau.
L'Université Cadi Ayyad est, par ailleurs, responsable de la gestion du programme de coopération maroco-tunisien. Ce programme a connu un succès indéniable auprès des chercheurs des deux pays. Basé sur une procédure simplifiée d'appel à propositions de projets, les chercheurs y trouvent un outil de mutualisation et de complémentarité très utile. Plus de quatre-vingts projets sont aujourd'hui en cours d'exécution dans le cadre de ce programme.
Sur le plan de l'enseignement, l'Université Cadi Ayyad a lancé plusieurs programmes de formation régionaux en faisant appel à des fonds de soutien pédagogiques (Tempus, AUF,...). Ces programmes sont sanctionnés parfois par des bidiplômations qui sont de véritables tremplins pour l'insertion dans le monde du travail.
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