Dans son volet pédagogique, la réforme a adopté le système LMD (Licence, Master, Doctorat), appelé aussi système 3-5-8 par référence aux durées prévues pour préparer les différents diplômes. Ce nouveau système pédagogique, adopté par de nombreux pays de part le monde, prévoit des formations organisées en cycles, filières et modules. Les modules sont des unités de formation capitalisables.
Sur le plan pédagogique, le nouveau système d'enseignement est basé sur les concepts suivants :
- Une organisation des enseignements en filières, semestres et modules, des contrôles continus et des examens réguliers;
- Des passerelles entre filières, établissements et universités;
- Des modules de langues, de communication et d'informatique tout au long du cursus universitaire;
- L'instauration d'un mécanisme d'orientation et de réorientation tout au long du projet de formation;
- Des modules de formation à caractère général et à caractère professionnel;
- Préparation à l'insertion dans l'environnement socio-économique.
En effet, les filières sont élaborées par les enseignants chercheurs, validées par les conseils d'établissements et présentées au conseil de l'université pour approbation, puis à la CNCES (Commission Nationale de Coordination de l'Enseignement Supérieur) pour accréditation. La commission pédagogique issue du conseil de l'université étudie ces demandes d'accréditation et émet un avis sur lequel se fonde la décision du conseil de l'université.
Démarré au niveau de toutes les Universités marocaines en septembre 2003, le nouveau système vise les objectifs généraux suivants :
- Permettre aux étudiants d'acquérir des savoirs et des savoir-faire de qualité,
- Faciliter l'accès au marché de l'emploi,
- Améliorer le rendement pédagogique en évitant les déperditions,
- Répondre de façon plus précise aux besoins de l'environnement socio-économique,
- Permettre la correction des choix originaux des étudiants par un système de passerelles entre les filières,
- Permettre à l'étudiant de capitaliser les modules acquis et de les faire valoir auprès des employeurs.

Année universitaire
L'année universitaire est composée de 2 semestres comprenant chacun 16 semaines d'enseignement et d'évaluation.
Filière
Une filière est un cursus de formation comprenant un ensemble cohérent de modules pris dans un ou plusieurs champs disciplinaires et ayant pour objectif de faire acquérir à l'étudiant des connaissances, des aptitudes et des compétences.
Toute filière prévoit des passerelles avec d'autres filières afin de permettre à un étudiant, tout en conservant ses acquis, de se réorienter au sein d'un même établissement ou d'un établissement à un autre.
Une filière est rattachée administrativement à un établissement universitaire et elle est conforme à la vocation et aux missions de cet établissement. Ses modules peuvent être assurés par un ou plusieurs départements, voire plusieurs établissements d'enseignement supérieur.
L'accréditation est accordée par l'autorité gouvernementale de tutelle, après avis de la CNCES
Semestre
Chaque semestre comprend généralement 4 modules avec un volume horaire global semestriel de 360 heures minimum.
Module
Le module est l'unité fondamentale du système de formation. Il comprend un à quatre éléments de module qui peuvent être enseignés dans une ou plusieurs langues ; un élément de module peut être soit une matière enseignée sous forme de cours théoriques et/ou de travaux dirigés et/ou de travaux pratiques, soit une activité pratique consistant en travaux sur le terrain ou projet, soit un stage. Les différents éléments d'un module constituent une unité cohérente.
Une activité pratique peut constituer une partie d'un module, un module entier ou plusieurs modules.
L'intitulé d'un module reflète son contenu et ses objectifs.
Un module d'enseignement s'étale sur un semestre et correspond à un volume horaire minimum de 75 heures d'enseignement et d'évaluation.
Dans la limite des semestres de réserve, et sauf dérogation octroyée par le chef de l'établissement, l'étudiant s'inscrit, au maximum, deux fois à un même module.
Les objectifs et les contenus des modules composant une filière sont cohérents avec les objectifs de cette filière.
La note d'un module est une moyenne pondérée des différentes évaluations du module ou des éléments qui le composent. La pondération tient compte de la nature de l'évaluation et des volumes horaires des différentes composantes ainsi que de leur nature.
Un module est validé si sa note est supérieure ou égale à 10 sur 20 et si aucune note de l'un des éléments le composant n'est inférieure à une note limite précisée dans le descriptif de ce module.
Evaluation des connaissances
L'évaluation des connaissances, des aptitudes et des compétences pour chaque module s'effectue sous forme de contrôle continu qui peut prendre la forme d'examens, de tests, de devoirs, d'exposés, de rapports de stage ou de tout autre moyen de contrôle. Toutefois, si besoin est, outre le contrôle continu un examen final pondéré peut être organisé.
Chaque établissement élabore un règlement de l'évaluation des connaissances, des aptitudes et des compétences qui est porté à la connaissance des étudiants. Ce règlement porte, entre autres, sur les modalités d'évaluation, les fraudes, les retards, les absences et les modalités de consultation des copies par les étudiants.
Les étudiants n'ayant pas validé un module sont autorisés à passer un contrôle de rattrapage. Ils peuvent conserver, pour ce rattrapage, les notes obtenues dans les éléments du module qui sont supérieures ou égales à 10 sur 20.
Une filière est validée si l'une des conditions suivantes est satisfaite :
- Tous les modules de la filière sont validés.
- Tous les semestres sont validés.
Une filière validée donne droit au diplôme correspondant.
Le diplôme de fin de cycle est délivré avec l'une des mentions suivantes :
- « Très bien » si la moyenne générale des notes des modules est au moins égale à 16 sur 20 ;
- « Bien » si cette moyenne est au moins égale à 14 sur 20 et inférieure à 16 sur 20 ;
- « Assez bien » si cette moyenne est au moins égale à 12 sur 20 et inférieure à 14 sur 20 ;
- « Passable » si cette moyenne est au moins égale à 10 sur 20 et inférieure à 12 sur 20.
