Durant les dernières années, l'Université Cadi Ayyad, s'est penchée sur le projet de la structuration de la recherche scientifique au niveau de l'université. Au terme de ce processus l'UCA dispose actuellement de 55 Laboratoires de recherche accrédités et de 59 équipes de recherche accréditées. Ces structures de recherche couvrent l'ensemble des thématiques de recherche prioritaires au niveau régional et au niveau national.
L'Institut de Recherche pour le Développement a récemment donné son accord pour la création du Laboratoire Mixte International (LMI) "Télédétection et Ressources en Eau en Méditerranée semi-Aride" (TREMA). Ce LMI est porté par le CESBIO et le Centre National d'Etudes et de Recherches sur l'Eau et l'Energie (CNEREE, Marrakech).
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Dans le cadre de l'appel à propositions diffusé auprès de la communauté scientifique nationale en mai 2008 pour la sélection des équipes et laboratoires de recherche associés au CNRST, Les Comités scientifiques du CNRST ont procédé à l'évaluation des propositions et à la sélection des unités retenues. Quinze entités parmi 59 sélectionnées appartiennent à l'université Cadi Ayyad ce qui représente 25,5%.
Voir la liste des entités de recherche sélectionnées.
La Faculté des Sciences de Semlalia à Marrakech accueille 31 laboratoires.
La Faculté des Sciences et Techniques Marrakech accueille 9 laboratoires.
La Faculté des Lettres et Sciences Humaines de Marrakech accueille deux laboratoires.
L'Ecole Nationale des Sciences Appliquées de Marrakech (ENSAM) accueille deux laboratoires.
La Faculté Polydisciplinaire de SAFI accueille deux laboratoires.
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L'Ecole Nationale de Commerce et de Gestion de Marrakech accueille un laboratoire.
La Faculté des Sciences Juridiques, Economiques et Sociales de Marrakech accueille huit laboratoires.